工厂化养殖中关键的技术是过滤掉水中的悬浮物及去除水中的氨氮和亚硝酸氮。
蛋白质分离器的作用就是利用射流气浮的原理，依靠极细的泡沫（直径小于0.02mm）的吸附作用将水中的悬浮物分离出来。从而大程度地减轻了后续生化过滤的负担。从根本上去除产生氨氮的源头。因为蛋白质分离器将气水充分混合，整个过程中空气中的氧气与水的接触面积大大增加，故能同时增加水中的溶氧量。而高溶氧水是提高水产品质量及养殖密度的重要基础。
蛋白分离器是一种简单有效的污水处理装置，是微滤机筛滤后的水处理关键技术。是去除废水中溶解态和悬浮态污染物的关键工艺设备。
蛋白分离器能有效地去除水体中呈悬浮状的溶质物，除去水中的油污及水面污物泡沫。使蛋白质等有机物在未被矿化成氨化物和其它有毒物质前就已被去除,避免了有毒物质在水体中积累, 减轻硝化作用的负荷。而且可向养殖水体提供所必需的溶解氧,对维护养殖水体生态环境有良好作用。
蛋白分离器是利用气泡浮选处理的原理，通过气泡发生器持续不断的在水中释放极细小的气泡（直径为10~100 μm ），使气泡形成象筛网一样的过滤屏幕，并利用气泡表面的张力吸附水中的悬浮物，通过气浮方式来脱除养殖污水中悬浮的胶状体、纤维素、蛋白素、残饵和粪便等有机物，这包括氨化物、蛋白质、铜和锌等金属类、油脂、碳水化合物、磷酸盐、碘、脂肪气泡越小，效率越高。泡沫分离的效果起决定性作用的是气泡供给方式、气液接触强度和泡沫回收方式等。研究产生微小气泡的发生装置，是这项技术应用的关键。
鱼体表面分泌的粘液物质也是恶化水质的元凶。但可将它变害为利，把它作为发泡剂使用。利用粘液物质能把悬浮物吸附于气泡并上升至水面形成泡沫的特性，达到去除废水中溶解态和悬浮态污染物的目的。
蛋白分离器所聚集的污物含固率可达39%。对低浓度养殖水体特别有效,既排除蛋白质等产生氨氮的源头又增氧,
蛋白分离器是工厂化水产养殖系统中不可或缺的重要组成部分。
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