(一)粪便污染。目前畜禽养殖产生了大量粪便，畜禽粪便中含有大量氮、磷和有机污染物等。由于以往畜禽养殖场(户)环境意识差，畜禽粪便随意堆放，并随雨水进入水系。因此，畜禽粪便成为继工业污染、生活污水垃圾污染之后的第三大污染源，是造成农村环境污染的主要原因。
(二)水质污染。养殖场对水体的污染主要为有机物污染、微生物污染、有毒有害物污染。养殖污水不经过无害化处理直接排放到沟渠或者开放水域里，由于这些污水中氮(N)、磷(P)含量丰富，极易造成水体富营养化污。高浓度的污水排入河中，造成水质不断恶化。污水对周边农民的生产生活带来影响，有些已对集中饮用水源地构成严重威胁。
(三)大气污染。畜禽粪便经过发酵后会产生大量的氨氮、硫化氢、粪臭素、甲烷等有害气体，这些气体不但会破坏生态，而且还会直接影响人类健康。有害气体能进入呼吸道，引起咳嗽、气管炎和支气管炎等呼吸道疾病，不仅威胁着养殖场的安全，更危及养殖场员工和周边居民的身体健康。
(四)生物污染。粪便含有大量的病原微生物和寄生虫卵，如不及时处理就会孳生蚊蝇，使环境中病原种类增多、菌量增大，使病原菌和寄生虫蔓延，引起人畜共患病的发生，危害人畜健康。
