3.养殖区隔绝外界污染
养殖区具有高度独立性，不受外界可能产生的任何污染源。同时，养殖区内进排水独立，不产生交叉污染。所使用器具独立，使用后即进行消毒处理。
三、养殖对象选择及管理措施
健康养殖的前提是所要养殖的对象健康。再对其科学饲养管理，使养殖鳗鱼健康、成长，终取得良好经济效益。
1.苗种
健康苗种是在正常放苗季节时，同时具有活力强、体质强健、体表干净、规格均匀，无任何外伤的特性的苗种
4.水质管理
水质调控
物理调控，在投喂完饲料两个半小时后排污、换水。尽量减少排泄物及残饵累积，同时也要考虑水质稳定。
化学调控，定期使用ClO2、表面活性剂等对水体、养殖池及养殖棚内进行消毒。
生物调控，泼洒光合细菌、硝化细菌、EM菌及腐植酸等有机肥料，保持养殖中有益微生物持续占优的生物相结构
搭配混养
利用鱼类之间生物性的差异，在养殖鳗鱼池内搭配一定数量杂食性、抵抗力强、不易自然繁殖的小型鱼类，尤其在土池养殖中，搭配混养合适鱼种对养殖池稳定具有明显优势。例如可选择单性罗非鱼等，10尾/亩～15尾/亩。
2. 不当投喂
“病由口入”，不可否认，生物体很多疾病究其根源，均与其摄食不当有直接关系。此类情况直接发病包括有：肠炎、咬食、肠胃及肝病变等。尤其摄食不当诱发鳗鱼免疫力下降可能发生的其它疾病则更多。
预防此类疾病首先投喂的饲料不仅要求卫生指标合格，而且营养结构合理，易消化、促生长；其次根据当日天气、鳗鱼规格大小以及鳗鱼本身健康状况确定合适投饵率。后要鳗鱼在摄食前后三小时内不能有剧烈环境波动的刺激或其它外来因素干扰，以免造成鳗鱼的消化负担。
3. 气温等环境因素
人工养殖不能过于违背鳗鱼生物学特性，其驯化也是逐渐渗透过程。由于环境不适造成可能诱发的鳗鱼疾病包括有：低温时的小瓜虫、日本鳗低温时弧菌爆发、低温时水霉菌爆发、欧鳗高温时脱粘及败血病、水质变化造成鳗鱼应激发病等。
