近年来，由于抗生素在水产养殖业中的广泛应用带来了许多新的问题，广谱抗生素药物的过度使用不仅使病原菌的耐药性增加，而且对水产品的安全构成威胁。目前乳酸菌在对虾、鱼类等养殖生产中多用于调节养殖环境，对疾病的防治起到积极的作用，但随着人们在养殖饲料中添加乳酸菌来改善水产类养殖动物的免疫和健康水平研究的不断深入，乳酸菌在水产养殖中发挥的作用也越来越大。
乳酸菌和其他类益生菌一样常用作水产动物的生态改良调节剂，改善其养殖环境，抑制或减少有害菌的孳生。它能改善水产养殖环境，通过竞争性位点结合和产生颉颃物质，达到控制有害病菌增殖的作用，从而提高水产动物本身的抗病能力。
杨勇研究表明，乳酸菌及其代谢产物可以控制鳗弧菌的数量和生长，从而达到控制其导致的多种海水鱼类疾病，起到生物防治的作用。乳酸菌是一种非常重要的益生菌，常添加在饲料中使用，通过在动物体内胃肠道等部位的定殖来发挥作用。益生菌的大量定殖和繁育，一方面抑制有害菌的生长。另一方面其代谢活动也往往产生一些消化酶类、维生素和促生长因子等物质，这些生长促进剂和大量的酶类补充了寄主的营养水平，增加了寄主对饲料的消化和吸收，提高了利用度。
乳酸菌在代谢过程中产生了大量有机酸等酸性物质，从而使得胃肠道保持偏酸性环境，这恰恰有利于pH 值为酸性的消化酶类的作用，也就加大了营养元素的消化和吸收，还可促进养殖动物对钙、磷等无机离子的吸收，从而利于骨骼和甲壳发育。
胡毅等将复合益生菌添加到对虾基础饲料中，经饲喂试验，结果表明，益生菌能提高对虾肠道消化酶的活力。从血液生化指标来看，对虾血清蛋白浓度、酚氧化酶活力、溶菌酶活力和总抗氧化力等都有一定提高。
在鱼类研究方面，Son等将乳酸菌添加到石斑鱼饲料中饲喂4周，石斑鱼的增重率和饲料效率都得到了很大提高，A1y等将乳酸菌应用于罗非鱼饲料中，经一段时间的喂养，结果发现罗非鱼增重显著，成活率大大提高。Suzer等将乳酸菌应用于处于仔鱼发育阶段的黑鲷中，结果发现仔鱼的生长性能和消化酶活性都得到了一定的提高，这与在鲤鱼饲料中应用时消化酶活性(如肝胰脏和肠道的蛋白酶和淀粉酶活性)得到很大改善的试验结果非常相似。
石军等从正常鲤鱼肠道中分离出了Jyl3乳酸菌和Jyl0节杆菌(乳杆菌)，并制成了益生菌制剂添加到饲料中投喂鲢鱼。研究发现饲喂乳酸菌制剂的鲢鱼血清中白细胞吞噬率与吞噬指数、巨噬细胞吞噬率与E玫瑰花环形成率均高于空白对照组，且当遭受病菌攻毒后各试验处理组的成活率和特异性抗体效价等指标均明显高于空白对照组，均说明乳酸菌在增强鲢鱼机体免疫力方面具有一定的促进作用。此外，乳酸菌制剂也可以使得杂交鲤鱼在较低温条件的死亡率明显降低，而且血清总蛋白、γ-球蛋白、血糖量、血脂量、红细胞脆性、脑胆碱酯酶活性和白细胞吞噬等指标均有所提高。用该制剂饲喂建鲤时，可以发现各试验处理组建鲤的红细胞、血红蛋白等水平均高于空白对照组，而耗氧率则低于空白对照组，使其表现出了较好的抗逆性。
